In hoofdstuk 6 van het MER zijn de effecten van de alternatieven en varianten beschreven op de abiotische milieuaspecten: bodem en water. Deze aspecten hebben betrekking op de niet-levende basiskenmerken van het plangebied en maken deel uit van de onderste laag in de zogenaamde lagenbenadering die vaak als ruimtelijk ordeningsprincipe wordt gehanteerd.
De alternatieven onderscheiden zich van elkaar in effecten op de bodemopbouw, oevers en funderingen en drinkwatervoorziening. De route door ’t Hol en door de Vecht onderscheiden zich in negatieve zin door hun effect op de oorspronkelijke bodemopbouw. Dit is het gevolg van de relatief grote hoeveelheid grondwerkzaamheden in de oorspronkelijke bodem. Daarnaast ligt het gebied ‘t Hol in een gebied met aardkundige waarden. In beperktere mate geldt dit ook voor de route via het Moleneind.
De routes door de Loenderveense Plas Oost onderscheiden zich van de overige alternatieven ten aanzien van de effecten op de oevers en funderingen (beperkt positief) en de drinkwatervoorziening (beperkt negatief). Dit is het gevolg van de realisatie van de geïsoleerde vaargeul. Deze zorgt er voor dat de huidige erosie van de oever van de Horndijk (alternatief Vuntus via Loenderveense Plas Oost) en/of Veendijk (alternatief Loenderveense Plas Oost) sterk wordt beperkt/wordt tegengegaan. Daarnaast zorgt de geïsoleerde vaargeul er voor dat verontreiniging die via het afstromende regenwater vanaf de Horndijk/Veendijk in de Loenderveense Plas Oost terecht komt, niet in de beoogde drinkwatervoorziening terecht komt. Daar staat tegenover dat het oppervlak van de potentiële drinkwatervoorziening beperkt wordt verkleind.
Gebruiksvarianten
De gebruiksvarianten (andere type boten) leiden niet of nauwelijks tot andere effecten op de abiotische aspecten. Het enige verschil dat optreedt bij de gebruiksvarianten is het effect op de chemische waterkwaliteit als gevolg van het inzetten van elektrische boten. Elektrisch varen leidt tot minder effecten op de chemische waterkwaliteit doordat er geen emissie is van uitlaatgassen. Dit is niet onderscheidend voor de verschillende alternatieven.