In hoofdstuk 5 en 6 van het MER zijn de te verwachten effecten voor de biotische aspecten beschreven. Het gaat om de beoordeling van effecten op natuurgebieden, flora- en faunasoorten en kaderrichtlijn water. Dit zijn tevens de onderwerpen waarvoor de meest strikte wet- en regelgeving geldt. Voor deze onderwerpen geldt daarom dat toetsing aan dit wettelijke kader een belangrijke rol speelt in het bepalen van de haalbaarheid van een alternatief.
Ten aanzien van de effecten op natuur valt op dat zonder maatregelen alle alternatieven beperkt tot sterk negatieve effecten hebben. De route Vuntus door ’t Hol valt op doordat deze op de drie natuuraspecten negatief scoort, waar de andere routes op het aspect “Beschermde en rode lijst soorten” beperkt negatief scoren. De effecten in ’t Hol hangen samen met de effecten op de kwelstroming, betreding en invaren/overspoelen van oevers en de aanleg van oeverbescherming. Deze effecten zijn vanwege de beperkte omvang van de watergangen ook niet of nauwelijks te mitigeren. Het effect vanwege de kwelstroming was op voorhand verwacht, waardoor dit alternatief reeds rekening hield met een geheel geïsoleerde vaargeul (zie beschrijving van de alternatieven in hoofdstuk 2 van deze samenvatting). Het effect op de kwelstroming wordt daarmee naar verwachting echter niet volledig weggenomen. De verwachting is dat ook dan op microniveau nog verdrogingseffecten zullen optreden. Dit betekent dat effecten op natuur van de route door ’t Hol ook na het treffen van maatregelen niet voldoende zijn weg te nemen om (significant) negatieve effecten te voorkomen. Deze conclusie geldt vooral voor het alternatief Vuntus via ’t Hol en in iets mindere mate voor het alternatief Vuntus via Moleneind. In het laatste alternatief kan mogelijk bij nadere uitwerking nog zodanig invulling worden gegeven aan de maatregelen, dat de effecten niet meer als significant worden gekwalificeerd. Zonder deze nadere uitwerking zijn deze effecten niet uit te sluiten.
Ook voor het alternatief Loenderveense Plas Oost geldt dat significant negatieve effecten op Natura 2000 niet op korte termijn zijn uit te sluiten door het treffen van mitigerende maatregelen. Pas op langere termijn (10 tot 20 jaar) kunnen mitigerende maatregelen er toe leiden dat significant negatieve effecten op Natura 2000 zijn uit te sluiten. Dit heeft te maken met het realiseren van voldoende leefgebied voor de grote karekiet, die nu nog in het zuidelijk deel van de Loenderveense Plas Oost (langs Veendijk) voorkomt. Zolang dit leefgebied niet in voldoende mate (meer dan 50 paartjes) is gerealiseerd, kan deze route niet (geheel) worden gerealiseerd.
Voor de overige alternatieven wordt verwacht dat het treffen van mitigerende maatregelen voldoende is om negatieve effecten op natuur te beperken tot beperkte negatieve effecten. Dat betekent dat het optreden van effecten op natuur niet is uit te sluiten. Voor het aspect “Natuurnetwerk Nederland” betekent dit dat rekening gehouden moet worden met de regels uit de Provinciaal Ruimtelijke Verordening (PRV). Concreet betekent dit dat nader onderzoek nodig is om te bepalen of de beperkt negatieve effecten die over blijven binnen het project kunnen worden gesaldeerd. De verwachting is dat dit voor de meeste alternatieven haalbaar is in combinatie met natuurontwikkeling die gerealiseerd wordt binnen het gebiedsakkoord.
De alternatieven zijn niet onderscheidend voor de criteria “chemische waterkwaliteit” en “ecologische toestand en het behalen KRW-doelen”. Voor het criterium “fysisch chemische waterkwaliteit” scoort het Vecht alternatief negatiever dan de andere alternatieven. Dit komt doordat vanuit de Vecht door lekverliezen bij de sluis fosfaatrijk water naar de Wijde Blik stroomt. Voor alle alternatieven geldt dat er ten aanzien van de KRW, na het treffen van maatregelen, netto geen achteruitgang optreedt.
Gebruiksvarianten
De gebruiksvarianten onderscheiden zich op de biotische aspecten nauwelijks van elkaar. Voor de routes door ’t Hol (Vuntus via ’t Hol en Vuntus via Moleneind) is naast de kleine sloep alleen elektrisch varen bekeken. Grote sloep en/of DM-klasse is in deze alternatieven niet mogelijk omdat deze op voorhand zullen leiden tot significant negatieve effecten bij de aanleg door de bredere watergang die nodig is. Elektrisch varen kan leiden tot beperkt minder effecten op de chemische waterkwaliteit doordat er geen emissie optreedt van uitlaatgassen. Verder zijn deze boten stiller en zullen er naar verwachting een stuk minder varen, als de route alleen voor elektrisch varen wordt opengesteld. Dit kan leiden tot een beperking van de verstoring op enkele beschermde soorten. Deze beperktere effecten gelden ook voor de overige alternatieven. Voor de overige alternatieven geldt dat het verschil in deze effecten (chemische waterkwaliteit en hinder) tussen kleine sloep, grote sloep en DM-klasse zodanig beperkt is, dat dit niet zal leiden tot een andere effectbeoordeling voor de biotische aspecten.